Berni fue una de las primeras personas en llegar a la casa en la que el fiscal fue hallado muerto de un tiro en la cabeza en el baño de su casa. En 2016 fue denunciado por la exdiputada Lilita Carrió quien afirmó que hubo maniobras de encubrimiento para alterar la escena del crimen. También fue denunciada la ex fiscal Viviana Fein.
El próximo 18 de enero se cumplirán 10 años de la muerte del fiscal que investigaba el atentado a la AMIA y había denunciado por encubrimiento a la entonces presidenta Cristina Kirchner.
La justicia investiga si se trató de un suicidio o asesinato. Los principales acusados en la causa por la muerte son el técnico informático Diego Lagomarsino, quien le entregó el arma a Nisman tras recibir el llamado del propio fiscal y los cuatro custodios que estuvieron con la victima el sábado 17 de enero y el domingo 18 de enero de 2015.
